Transmisi Lokasi Covid-19 Didominasi Varian Bekasi

Spirit News Media 6/08/2021 0

Empat varian lokal Covid-19 telah teridentifikasi. Ada varian Bekasi, Surabaya, Jakarta, dan NTB. Mereka tidak menunjukkan keganasan yang terlalu berbeda dari varian sebelumnya.

Transmisi Covid-19 kembali menguat di Indonesia. Dengan tambahan 6.594 kasus baru pada Sabtu, 5 Juni, pertambahan rata-rata harian menjadi 5.961. Ada kenaikan yang cukup besar, karena rata-rata kasus dua minggu sebelumnya masih di level 4.337 kasus per hari. Rumusan bahwa setiap kali ada libur panjang (termasuk Idulfitri) akan diikuti lonjakan, sekali lagi terbukti.

Namun seperti berulang kali dikatakan Menteri Kesehatan Budi Gunadi Sadikin, lonjakan yang nyata akan terlihat pada pertengahan hingga akhir Juni. Gejala-gejalanya memang telah terpantau. Yakni, terjadi lonjakan di sejumlah daerah di Jawa Tengah, Jawa Barat, dan DKI Jakarta. Tiga daerah ini memang jadi titik embarkasi dan destinasi utama pada arus mudik dan arus balik lebaran.

Sempat menjadi kekhawatiran banyak kalangan bahwa ledakan pascalebaran akan begitu dahsyat, karena mobilitas masyarakat itu akan diikuti penyebaran varian baru Covid-19, yang diketahui lebih  ganas dan mematikan, yang telah masuk ke Indonesia. Setidaknya sampai akhir Mei, tercatat ada 60 kasus infeksi Covid-19 yang melibatkan empat varian baru.

Kegiatan surveilans dengan genome squencing (pelarikan genom) oleh jaringan 16 laboratorium di Indonesia, di bawah koordinasi Kementerian Kesehatan, menemukan adanya 23 kasus infeksi varian Inggris B-117. Infeksi varian India B-1617 ada 32 kasus, varian Afrika Selatan B-1351 ada 4 kasus, dan varian Inggris-Nigeria B-1525 dijumpai satu kasus pada seorang Pekerja Migran Indonesia (PMI), yang baru kembali dari Malaysia.

Dari lima varian itu, dua di antaranya (varian Afrika Selatan dan Nigeria-Inggris) berupa kasus impor, yakni ditemukan pada orang yang datang dari luar negeri. Namun, pada varian Inggris (B-117) dan India (B-1617) sudah ditemukan transmisi lokal. Jumlah yang terpantau lewat surveilans memang belum besar, namun selalu ada kekhawatiran bahwa yang ada di lapangan jauh lebih besar dari yang bisa termonitor.

Para ahli masih perlu waktu untuk mengumpulkan daya, untuk bisa melihat bagaimana varian baru (impor) itu mempengaruhi lonjakan pandemi pascalebaran. Namun sampai awal Juni 2021, varian virus corona yang beredar di lapangan masih didominasi oleh varian-varian lokal hasil mutasi dari galur virus awal yang mulai gentayangan di Indonesia sejak Maret 2020.

Pemantauan sebaran varian corona itu dilakukan melalui pemeriksaan yang intensif dan terus-menerus (surveilans) dengan teknik whole genome sequencing (WGS) atau upaya merunut kode genetik pada genom virus atas sampel swab yang diambil secara tersebar. Upaya merunut genom itu dilakukan dengan mesin PCR, untuk mengamplifikasi (menggandakan) material genomnya, kemudian dirunut dengan mesin genom sequencing.

Dari 16 laboratorium yang tersebar di berbagai kota di Indonesia, kini telah diperiksa sekitar 1.850 sample dan dihasilkan pemetaan kode genetiknya secara utuh. Dari situ bisa diketahui sampel yang diperiksa itu dari varian mana. Ada kemungkinan dia mutan baru. Untuk telaahan lebih jauh, file hasil surveilans itu, dikirimkan ke bank data Global Initiative on Sharing Avian Influenza Data (GISAID). Dengan data dukungan data yang lengkap, GISAID bisa menelusuri asal usul dan pengelompokan setiap genom.

Dari Jakarta hingga NTB

Salah satu lembaga riset  yang banyak melakukan surverlans genomik di Indonesia adalah Lembaga Biologi Molekuler (LBM) Eijkman, Jakarta. Sejauh ini, menurut Kepala LBM Eijkman Profesor Amin Soebandrio, kasus Covid-19 di Indonesia masih didominasi varian lokal. Secara umum, ada empat varian baru yang lahir di Indonesia. Mereka adalah varian Bekasi, Surabaya, Nusa Tenggara Barat (NTB), dan varian Jakarta.

“Mungkin benar ini made in Indonesia, tetapi untungnya tidak masuk variant of interest atau variant of concern,  tampaknya mereka baik-baik saja,” kata Amin, dalam diskusi virtual bertema “Tes Covid-19 tidak Memadai, Faulty Covid-19 Test Mechanism”, pada Sabtu (5/6/2021).

Yang dimaksud variants of concern (VoC) adalah varian baru yang diakui bahwa mutasi yang terjadi benar-benar telah mengubah karakter virus, utamanya terkait transmisi yang lebih masif, adaptasi yang lebih kuat, dan kemampuannya menghindar dari vaksin. Adapun yang tergolong VoC ialah varian dari Inggris B-117, India B-1617, Afrika Selatan B-1351, dan Brazil P-1.

Sedangkan yang dimaksud dengan varian of interest adalah mutan yang sedang menguat dan sangat berpotensi menjadi VoC. Amin Soebandrio mengatakan, varian baru yang paling dominan mengendalikan transmisi Covid-19 di Indonesia saat ini adalah varian B-1.466.2, yang kali pertama ditemukan 12 November 2020 lalu di Bekasi. Ciri-ciri umumnya ditemukan pada 74 persen dari virus yang diteliti. Yang membedakan dengan yang lain, varian ini memiliki beberapa gugus asam nukleat yang serupa dengan  B-117 dari Inggris, utamanya pada P681R. Diduga mutasi P681R ini ikut meningkatkan tingkat transmisibilitas varian lokal tersebut.

Varian asal Bekasi B.1.466.2 itu tersebar di Bali (127 kasus), Jawa Barat (101), Jakarta (71), Sulawesi Barat (22), Banten (19), Kalimantan Selatan (16), Sulawesi  Selatan (16), Jawa Timur (13), Jawa Tengah (13), Kalimantan Tengah (12), Sumatra Selatan (9), Sumatra Barat (9), Sumatra Utara (7), Nusa Tenggara Barat  (6), dan delapan provinsi lainnya. Sejauh ini, masih  belum  tersedia data yang cukup untuk mengambarkan tingkat keparahan yang diakibatkannya.

Varian B-1.470 yang ditemukan di Kota Surabaya 9 April 2020 menjadi sosok dominan kedua dalam  urusan transmisi.  Ciri-ciri umum varian Surabaya ini juga muncul pada 79 persen genom virus yang diperiksa. Dengan demikian bisa dikatakan bahwa varian Surabaya, juga Bekasi, adalah hasil mutasi dari varian virus yang selama ini menjangkiti Indonesia. Mereka berasal dari strain yang sama. 

Sebagai episentrum pandemi, Jakarta juga melahirkan variannya sendiri, yakni B-1.1.398 yang kali pertama dijumpai  pada 5 Juni 2020. Varian ini memiliki sepotong  asam nukleat yang sama dengan mutasi varian Afrika Selatan, yakni E-484-K. Potongan genom E-484-K, yang dianggap varian DKI Jakarta, seringkali bisa menerobos antibodi di tubuh korbannya. Ciri-ciri umum lain dari varian  Jakarta itu ditemukan pada 67 peren dari sampel virus corona yang diperiksa genomiknya. 

Varian yang keempat, menurut Profesor Amin, adalah B.1.459 yang pertama kali ditemukan di NTB pada 1 Juni 2020. Varian ini punya L-452-R, persis pada varian India, sekaligus P-682-R seperti di varian Inggris. Meski memiliki “dua taring” baru, varian NTB ini dianggap tak menunjukkan sifat keganasan yang sulit terkendali. Ia belum digolongkan sebagai VoC maupun VoI.

Keempat varian lokal Indonesia itu diduga dari tetua yang sama, yakni Covid-19 generasi pertama di Asia. Cirinya ialah segmen mutasi D-614-G. Dari sekitar 1.850 perunutan genomik di Indonesia, lebih dari 1.600 sampel mengandung  D-614-G. (Ilustrasi foto: Antara)